Vá até a guia Application Server, clique com o botão direto e acesse New Application Server:
Na janela seguinte selecione a opção Standalone Server para mapear um servidor instalado em qualquer máquina da rede. Se deseja usar o servidor que vem integrado com o JDeveloper utilize a segunda opção:
Informe um nome para a conexão com o servidor. Esse nome será exibido na lista de opções de deploy das aplicações:
Informe os dados do servidor (host, porta e domínio da instalação). Caso não saiba o nome do domínio, não se preocupe, deixe o padrão e no momento que for testar a conexão será exibido o nome correto. Volte e informe o nome correto:
Teste a conexão. Caso o nome do domínio esteja incorreto será exibido uma mensagem com o nome correto dele:
Essa tela muda em algumas versões do Jdev, basicamente nela se altera a versão que deseja gerar e fazer o deploy do projeto: